All in one SEO Packのフックを使います。
以下をfunctions.phpに記載すればOKです。
コードの意味は「カスタム投稿タイプが『shop』のアーカイブページにメタディスクリプションを出力する」です。
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// カスタム投稿のアーカイブページにメタディスクリプションを出力
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add_filter( 'aioseo_description', 'aioseo_filter_description' );
function aioseo_filter_description( $description ) {
if(is_post_type_archive('shop')){ //カスタム投稿タイプ「shop」
return $description . 'ここにメタディスクリプションに出力したい内容';
}
return $description;
}